Gdy innowacja produktowa i technologiczna w oczywisty sposób prowadzi do poprawy ochrony środowiska naturalnego, bądź nie powoduje jego degradacji to może być zaliczona do innowacji ekologicznej. W usługach motoryzacyjnych innowacje ekologiczne to takie, które chronią środowisko naturalne przed szkodliwym wpływem pozostałości z procesu obsługi bądź naprawy samochodów, minimalizują powstające odpady, np. poprzez ich utylizację. W warsztatach samochodowych powstają one między innymi w dziedzinie recyklingu, wyposażenia i procesów.  W Polsce najbardziej popularna jest produktowa forma recyklingu polegająca na skupowaniu samochodów powypadkowych, najczęściej w dobrym stanie technicznym, których sprawne technicznie elementy oraz podzespoły po demontażu i segregacji znajdują nowych nabywców.

Warunkiem dużej skuteczności recyklingu produktów jest odpowiednia kultura techniczna i jakość demontażu złomowanych pojazdów. Niektóre warsztaty stosują recykling energii polegający na spalaniu przepracowanych olejów silnikowych  i ogrzewaniu  swoich pomieszczeń lub magazynu. Jest to dla warsztatu źródło darmowej energii cieplnej pod warunkiem, ze wykorzystują odpowiednio do tego celu przystosowane piece. Szczególnie dużo innowacji ekologicznych w warsztatach samochodowych powstaje w dziedzinie regeneracji używanych części lub kompletnych zespołów samochodu. Części te i zespoły pochodzą z odzysku, z własnego skupu lub ze specjalistycznych stacji demontażu pojazdów. Wielu użytkowników, w tym także i flotowych jest zainteresowanych korzystaniem z tańszych i regenerowanych części jeśli tylko będzie to możliwe i nie pogorszy właściwości jezdnych samochodu, a zwłaszcza jego bezpieczeństwa. Na poprawę naturalnego środowiska ma również wpływ odpowiednie wyposażenie serwisu i  stosowane w nim procesy obsługowo-naprawcze, np. nowoczesne kabiny lakiernicze, niskociśnieniowe regeneratory rozpuszczalników, myjnie do pistoletów, jeszcze nie rozpowszechnione na szeroką skalę w serwisach lakiernictwo wodne stosowanie urządzeń izolujących od naturalnego środowiska proces wymiany płynów eksploatacyjnych i oczyszczania lub mycia części i ich zespołów i wiele innych. Jak wynika z badań, w warsztatach stosowane są  różnorodne metody wymiany płynów i mycia części przy zastosowaniu najrozmaitszego sprzętu. Przy oczyszczaniu i myciu części nierzadko  korzysta się  ze środków chemicznych, które są  szkodliwe dla zdrowia i środowiska i ponadto  stanowią olbrzymie zagrożenie pożarowe.

Niektórzy producenci ustalają plany serwisowania samochodów niejako na „wyrost” przezornie skracając resursy obsługowe co również nie sprzyja ochronie środowiska. Klasycznym przykładem tego są zbyt częste wymiany świec zapłonowych, zalecane w niektórych instrukcjach obsługi. Choć powszechnie jest wiadomo, ze współczesne świece zapłonowe posiadają dużą trwałość i mechanik z łatwością dokona oceny jej stanu technicznego. Jeżeli nie ma to istotnego wpływu na bezpieczeństwo użytkowania samochodu to warto tutaj dokonywać możliwych korekt wykorzystując bogate w tym względzie doświadczenia warsztatów. Do innowacji ekologicznych należy również zaliczyć używanie przez warsztaty środków o małej szkodliwości dla środowiska naturalnego takich jak kleje, środki myjące czy różnego rodzaju pasty. To ostatnie powinno w prostej konsekwencji zachęcić również producentów w branży do wprowadzania technologii i produktów chroniących środowisko naturalne, bądź nie powodujących jego dalszej degradacji.